El principal trastorno para la salud tras un tratamiento de fertilidad es el peligro de embarazo múltiple. La tasa de embarazo múltiple aumenta un 12% tras los tratamientos.

Sus riesgos asociados con el embarazo múltiple son hipertensión, excesiva acumulación de líquido amniótico, abortos, parto prematuro (con aumento de la mortalidad perinatal y niños de bajo peso e 'inmaduros').

El síndrome de hiperestimulación ovárica es otro de los riesgos asociados a los tratamientos de fertilidad. Aparece cuando los ovarios han sido sobrestimulados.

Normalmente se da después de la administración de hormonas. Existen tres grados: ligera, moderada y severa, y provoca sensación de pesadez, náuseas, dolores abdominales...